Il 9 febbraio Costacurta si dimette, al suo posto la società ingaggia Mario Somma, che avrà al suo fianco come secondo Alessandro Nuccorini, commissario tecnico della nazionale italiana di calcio a 5. Il Mantova chiude la stagione al 13º posto, assicurandosi così la permanenza nella serie cadetta per il quinto anno consecutivo. Nella finale di andata, che assegna un posto in Serie A, supera il Torino per 4-2 a Mantova; nella partita di ritorno, però, il Torino riesce a ribaltare il risultato, vincendo per 3-1 dopo i tempi supplementari. I virgiliani conservano però la vetta per una sola giornata, dopodiché vengono superati dalla Cremonese; qualificato ai play-off, il Mantova inizia con una vittoria per 4-2 a Frosinone, con un goal in rovesciata di Paolo Poggi al ritorno. Nel ritorno i crociati chiudono il torneo al decimo posto; da sottolineare nell’ultima sfida casalinga, il 12 maggio con il Bologna, la celebrazione del ventennale della conquista della Coppa delle Coppe a Wembley. 1933-34 – 12º nel girone A della Serie B. Riammesso per ampliamento del torneo.
Il resto della stagione seguirà tra alti e bassi, ci sarà l’intermezzo della Coppa Italia contro il Perugia (con mitraglietta di Stellini per il gol rossoverde al Curi) e alla fine dopo aver sofferto forse un po’ troppo arriverà la salvezza, grazie a una doppietta di Artico nella vittoria esterna di Salerno alla penultima giornata. Alla fine della guerra civile, nella quale risultarono vittoriosi i nazionalisti, la maglia diventò di colore blu, perché il rosso era il colore che identificava lo sconfitto campo repubblicano. Da ricordare anche la vittoria per 3-0 sul campo dei rivali dell’Hellas Verona e quelle casalinghe sul Napoli e sul Genoa al 95′ con gol di Emiliano Tarana. Lo staff della nazionale si compone del commissario tecnico, che allena, convoca e schiera in campo gli atleti ed è assistito da due vice-allenatori. Per il campionato d’Europa 2012, la Puma realizzò una seconda divisa ispirata ai modelli storici della nazionale, che fu presentata nel febbraio 2012, con una maglia bianca accompagnata da una fascia azzurra orizzontale, all’interno della quale vennero posizionati il logo dello sponsor tecnico, in bianco, e lo stemma della FIGC. In occasione del match interno contro la Reggiana del 21 febbraio 2010, la mascotte ha fatto il suo «esordio» allo stadio San Vito.
Dal 2016, il club sostiene infatti l’organizzazione nelle attività promosse all’interno di un suo hub giovanile a Torino, a due passi dallo stadio bianconero. L’11 giugno 2007 la dirigenza annuncia il nuovo allenatore dell’ACM: è Attilio Tesser, reduce da due brevi esperienze in A con Cagliari e Ascoli. La stagione successiva per il neopresidente Michele Lodi fu inizialmente di grande entusiasmo, portando a Mantova l’esperto allenatore Sala e giocatori del calibro di Alberto Quadri e Luciano. Nell’estate 2009, il presidente Fabrizio Lori ingaggia Michele Serena. Terminato il campionato 2013-2014, i biancorossi vedono l’ennesimo riassetto societario con il presidente Michele Lodi, che non riuscendo a porre rimedio all’ammontare dei debiti, manifesta il desiderio di accogliere nuovi azionisti per immettere risorse fresche nel club; nel mentre la squadra subisce 3 punti di penalizzazione per aver pagato con un giorno di ritardo gli stipendi e la fideiussione per l’iscrizione. In questo caso il desiderio è realtà: l’Atletico Mineiro ha lanciato un contest aperto ai tifosi per disegnare la maglia celebrativa dei 113 anni del club, e tra le proposte ha vinto questa bellissima divisa, elegante e ricca di significati, con la mappa del Minas Gerais stampata sul davanti. La guida della Cooperativa dei tifosi viene affidata al presidente Alberto Castagnaro cooperativa che acquisisce inizialmente quote per il 25% del capitale del F.C.
Dopo qualche trattativa non andata a buon fine per la cessione della società, il 10 ottobre Nicola Di Matteo rileva il 55% delle quote diventando presidente (il rimanente ai soci mantovani Bruno Bompieri e Giambattista Tirelli). Il 25 giugno 2015, dopo 4 mesi di difficile trattativa, il Mantova passa ulteriormente di mano alla SDL CentroStudi S.p.A. di Brescia (nelle persone di Sandro Musso e Serafino Di Loreto) rilevano le quote di Lodi, diventando i maggiori azionisti della società. Le parti per diverso tempo si scambiano accuse di inadempienza, dopodiché il 14 luglio i soci romani annunciano di non essere in grado di onorare le spettanze e di non voler ricorrere contro l’esclusione dal campionato di Lega Pro: questo sancisce definitivamente la fine del Mantova Football Club, nato nel 2010. Nel frattempo Serafino Di Loreto e Sandro Musso avevano rilevato il Rezzato, neopromosso in Serie D: con la cessazione del club virgiliano, essi mettono sotto contratto numerosi ex giocatori biancorossi, compreso il capitano Gaetano Caridi, che andrà a chiudere la carriera di giocatore proprio nella società bresciana.