Zelaya volvió a lucirse con la Selecta al anotar 4 goles, camisetas de fútbol baratas igual que en torneo anterior. Dos empates ante Cuba y Honduras sin goles, le daban un total de cuatro puntos antes de la última jornada. En la hexagonal que decidiría tres cupos directos para la copa del mundo, los salvadoreños iniciaron con dos empates como locales, y una derrota como visitante ante Costa Rica. Sin lograr la clasificación a la segunda fase, El Salvador culminó de esta manera su primera participación en la Copa de Oro de la Concacaf. Sin embargo, la victoria por 1-0 ante Haití, con gol de penal de Rodolfo Zelaya, le otorgó a la Selecta una nueva clasificación a la segunda ronda del torneo. En su debut el 11 de septiembre marcaría su primeros dos goles convirtiendo un penal en el minuto 7 y anotando un disparo de tiro cruzado en el minuto 78 con el club francés dándole la victoria su club 3 a 2 frente al Olympique de Marsella en el que saldría como la figura del partido.
26 de octubre de 2011 marcaría en 5 partidos consecutivamente (Inter, Bologna, Cagliari, 2 goles Siena, SSC Napoli). Su club no conoció la derrota en sus primeros 8 partidos con J.P. Después de un buen inicio al derrotar por 2-1 a los Soca Warriors (goles de Ramón Alfredo Sánchez y Dennis Alas), la Selecta se inclinó ante Guatemala 0-1. Terminó el torneo con una severa derrota 0-4 ante los anfitriones y futuros campeones norteamericanos, resultado que le condenó a una eliminación prematura en primera fase. En el primer semestre se solventó la etapa preliminar al quedar en el primer puesto de la triangular en la que también jugaron Guatemala y Belice. Ausentes de la edición de 2005, los salvadoreños volvieron a aparecer en la Copa de Oro 2007, en el grupo B, en compañía de Estados Unidos, Guatemala y Trinidad y Tobago. El Salvador participó a su 8.ª. Copa de Oro en su calidad de tercero de la Copa Centroamericana 2013. Inició su participación en el grupo B de la justa con un vibrante empate 2-2 ante su similar de Trinidad y Tobago. En el albor de una nueva temporada (1958/59), llegó al equipo el aporte ofensivo de José Altafini (delantero brasileño, campeón del Mundo con su selección en la Copa Mundial de Suecia ’58) y la seguridad del líbero Sandro Salvadore.
Estas incorporaciones contrastan con la formación del núcleo duro del director general, Ferran Reverter, pues todos han llegado al comité de dirección a través de procesos de selección externos o la promoción interna, como Anna Aznar en el área social o Albert Bagó en estrategia. Como en la primera ronda de clasificación, fueron varios los juegos de preparación de los salvadoreños, que incluyeron a Newell’s Old Boys, Sporting Cristal y Cerro Porteño, entre otros. Nuevos juegos de preparación se realizaron previo a la cita mundialista que incluían a Boca Juniors, Botafogo y Grêmio, entre otros. ¿Pero no dicen que se va? Sin embargo, varios problemas enrarecieron el viaje a España: dos compañeros habían sido apartados de la nómina oficial por la federación salvadoreña, por lo que los jugadores les apoyaron con dinero para que comprasen sus boletos de viaje; también las deudas pendientes de los federativos con respecto a premios ofrecidos por la clasificación generaron discusión; el mismo viaje por avión a España se tornó largo y cansado para los futbolistas; a lo que se sumó el desorden en la entrega de los uniformes, por mencionar algunos contratiempos. Para el año 1995, El Salvador consiguió su primera clasificación a la Copa de Oro al ubicarse en el tercer puesto de la Copa UNCAF, camiseta inter 2024 que se desarrolló en su propio territorio.
Tras obtener el tercer lugar en la Copa Uncaf 1997, El Salvador consiguió su segunda clasificación a una Copa de Oro de la Concacaf, esta vez en la edición de 1998 que se realizó en Estados Unidos nuevamente. La clasificación tuvo especial significado para la afición salvadoreña, pues la guerra civil ya se encontraba en curso. Para el mes de julio de 1992, los cuscatlecos iniciarían una nueva aventura en la clasificación a la copa del mundo, que tendría lugar en 1994 en los Estados Unidos. La fase final de la clasificatoria consistió en una cuadrangular en la que El Salvador se encontraba junto a México, Canadá y Honduras, quienes disputaron un cupo para la copa del mundo. Ante la humillación, se dice que los jugadores se desentendieron de los técnicos, por lo que asumieron el control del sistema táctico en los próximos juegos. Los cuscatlecos empezaron en la segunda ronda de la clasificatoria y se ubicaron en el primer puesto de su respectiva cuadrangular con marca impecable de 18 puntos en seis juegos ante equipos caribeños.