Guerra Civil en julio de 1936, quizás cuando el club se encontraba en su mejor momento deportivo, tras la finalización del conflicto bélico las aguas tardaron más de los esperado en bajar hasta el cauce, no pudiendo el club cántabro ser reorganizado hasta 1940 por lo que, a pesar de tener plaza por méritos propios, camisetas de futbol 2024 no pudo competir en el campeonato de Primera Regional de la temporada 39/40. Sí lo hizo en la campaña 40/41 convertido en Santoña Club de Fútbol acatando la nueva Ley que prohibía el uso de extranjerismos. Faltando tres jornadas para la finalización del campeonato, el equipo consiguió la clasificación matemática para las eliminatorias por el ascenso. Tras varias temporadas en de mitad de tabla, consiguió la clasificación de manera directa a la UEFA Europa League quedando 6º en la clasificación. Manolo Cardo, el segundo entrenador con más partidos en Primera y que consiguió clasificar al Sevilla por primera vez para la Liga Europa de la UEFA. ↑ «Héctor Núñez, entrenador del Tenerife». ↑ «El Granada sufre en Hospitalet y pasa con un gol de Adrián Ramos en la prórroga». ↑ «El batle inaugura el nou camp de Verge de Lluc, habilitat per a la pràctica de futbol i hoquei sobre herba».
↑ «Telecinco y Cuatro fusionarán sus operaciones». Bajo su mandato el club se mantuvo en Tercera las cuatro temporadas que estuvo al frente. Así, la comunicación se torna esencial entre los zagueros centrales porque uno deba salir a marcar al posible atacante receptor del balón mientras el otro tiene que quedarse a cubrir la última zona para evitar la desprotección total ante una eventual cambio de frente de la jugada. En caso de que el balón vaya detrás de la línea de meta, si un jugador del lado al que pertenece la meta toca primero el balón, uno de su lado deberá tener derecho a un tiro libre desde la línea de meta en el punto opuesto al lugar en el que el balón deberá (sic) ser tocado. Al llegar a popularizarse el baile de la raspa en España por aquellos años, su música fue aprovechada para otra simpática canción dedicada al equipo: «La raspa la inventó / Landeira con el balón, / y Quirce que lo vió, / del gusto metió otro gol». Esta temporada, además, elimina en la Campeonato de España a los campeones de Asturias, León y Palencia, haciendo un brillantísimo papel.
El 13 de marzo de 1924, Cataluña se enfrentó ante España por primera vez en su historia, con una derrota por 0-7. La selección catalana estuvo formada por jugadores que procedían de clubes de la región, mientras que por España jugaron futbolistas catalanes como Ricardo Zamora y Josep Samitier. El sistema competitivo de la época, con dos fases bien definidas, le dejó en cuarto puesto en la campaña 55/56 debiendo jugar la Fase de Permanencia en el que fue tercero, siendo el resultado de la temporada 56/57 totalmente adverso al ser decimosexto y colista dentro del Grupo III en el que compartió destino con clubs cántabros y vizcaínos descendiendo a Primera Regional. Directamente clasificada a la segunda fase del torneo de clasificación de la CAF al Mundial de 2014, en el grupo H, en compañía de Malí, Benín y Ruanda, Argelia tuvo un paso casi perfecto al ganar cinco encuentros (de seis) siendo únicamente derrotada por Malí, el 12 de junio de 2012, por 2-1. Al acabar primera de su grupo, Argelia enfrentó la tercera fase de clasificación, disputada a manera de play-off de ida y vuelta, ante su similar de Burkina Faso, campeona del grupo E. El 12 de octubre de 2013, los Fennecs fueron derrotados por 3-2 en Uagadugú.
Debido a los resultados de la primera fase y al fixture de la segunda fase, Uruguay se volvió a enfrentar a Venezuela, y a pesar del favoritismo de los locales, Uruguay terminó imponiéndose por 4 a 1. Ya en semifinales se enfrentaron a Brasil, en un partido reñido que quedó en empate 2 a 2, se tuvieron que ir a penales en donde el equipo brasileño ganó por 5 a 4 (Brasil a la postre terminó campeón del torneo venciendo a Argentina en la final por 3 a 0). En el partido por el tercer puesto, Uruguay se enfrentó a México, adelantándose con un tanto de Sebastián Abreu, pero finalmente cayó por 3 a 1, finalizando cuarto en el torneo. Italia, compaginaría partidos amistosos de preparación con partidos de la Copa Internacional, un torneo creado por el austríaco Hugo Meisl y disputado entre las 5 selecciones de fútbol más poderosas de la época en Europa central: la selección austríaca, la selección checoslovaca, la selección húngara, la selección italiana y la selección suiza. Copa Libertadores de América siendo el primero en la tabla acumulada de la Primera División de Venezuela consiguiendo 69 puntos y una participación histórica. En la temporada 42/43, recompuesto y con nuevos jugadores, el Santoña vuelve a la competición quedando primero en su grupo de Tercera Categoría y ascendiendo a Segunda Categoría pero, debido al superior nivel del campo de El Paloma y el interés de la localidad en el panorama provincial, el club fue administrativamente elevado a Primera Categoría disponiendo de una magnífica temporada 43/44 en la que fue nuevamente campeón consiguiendo ascender a Tercera División, categoría convertida en el tercer nivel nacional desde 1943 y organizada en grupos que jugaban mediante el sistema de Liga.