Así, luego de varios torneos irregulares a nivel nacional, el 21 de agosto de 1994 descendería por segunda vez en su historia a la Segunda División del fútbol argentino, camisetas fútbol baratas tras empatar a tres goles ante Lanús en la penúltima fecha del Torneo Clausura de ese año. Tenemos camisetas de todos los equipos del mundo o tu camiseta favorita de fútbol la podrás encontrar aquí. Más de una decena de sus mejores jugadores fueron captados por otros equipos en poco tiempo, y que pese a lo cual, no impidió que de manera aislada a los acontecimientos estuviese a punto en varias ocasiones de ganar el Campeonato de Andalucía como única alternativa a un Sevilla FC nutrido de jugadores balompédicos. Sin embargo, Estudiantes logró igualar 1-1 y le impidió a su tradicional rival lograr el título, ya que con un triunfo hubiera superado en la tabla a Vélez Sarsfield, a la postre el campeón, que esa misma tarde empató como local ante Independiente. Pese a ello, a lo largo del torneo obtuvo resonantes victorias, como la conseguida en la 4.ª fecha, como local, ante Boca Juniors, al que derrotó por 6-4 con tres goles de Sergio Elio Fortunato (máximo artillero de ese campeonato junto a Diego Armando Maradona), dos de Hugo Gottardi y uno de Patricio Hernández.
Ese año, con el retorno de Carlos Bilardo como director técnico, se conformó un equipo muy equilibrado con jugadores como Miguel Ángel Russo, José Luis Brown, Alejandro Sabella, José Daniel Ponce, Marcelo Trobbiani y Hugo Gottardi (algunos de ellos, luego campeones del mundo en México 1986) que pondrían al club, nuevamente, en el escalón más alto del fútbol argentino. Estudiantes disputó las únicas diez ediciones que se jugaron del trofeo, entre 1988 y 1997, con una única participación destacada, en 1990, cuando fue eliminado en semifinales, en la definición por penales, por Nacional de Montevideo. Te sentirás como las grandes estrellas y podrás presumir de llevar la camiseta de tu equipo allá donde vayas. La consagración, además de inscribirlo en la historia como uno de los Campeones del Bicentenario, le permitió a Estudiantes superar a Racing Club en la tabla acumulada de títulos oficiales de Primera División y copas internacionales alcanzadas por los clubes argentinos en el profesionalismo. Mauro Boselli, a su vez, se consagró como goleador del certamen, el noveno máximo artillero del club en campeonatos de Primera División de la era profesional. De esta manera, conquistó su quinto título oficial en la era profesional de la Primera División del fútbol argentino.
El año 2005 fue, además, el del centenario del club, que celebró este aniversario con algunas complicaciones debido a un litigio de años que mantenía con las autoridades de la ciudad de La Plata respecto de la posibilidad de reformar y ampliar su estadio. Tradicionalmente sus partidos son conocidos como el «derbi de la amistad» o simplemente como «El Derbi» dada la gran cantidad de familias con aficionados de ambos equipos, muy próximos entre sí, motivo por el que es uno de los pocos encuentros en que las aficiones no están totalmente separadas. Los únicos refuerzos fueron el uruguayo Bossio y el máximo goleador de la temporada anterior en Segunda, el castellonense Alcañiz, que completaban a los canteranos que siguieron en el club a pesar del descenso como Arias, Subirats, Voro, Fernando, Revert, Giner, Sixto o Fenoll, y jóvenes como Quique, Arroyo o Jon García. Tras esa victoria, el equipo continuó en los puestos de vanguardia hasta la penúltima fecha y compartió la segunda posición del certamen junto a Boca Juniors, quien igualmente se consagró subcampeón por mejor diferencia de gol. Estudiantes mantuvo la base del equipo (solo se fue Juan Ramón Verón, transferido al Junior de Barranquilla) y volvió a tener participaciones destacadas en los campeonatos de Primera División de 1976 y 1977. En el Metropolitano de 1976 finalizó en la tercera posición, a cinco puntos de Boca Juniors, el campeón; y en el Nacional de ese mismo año, con tres derrotas en 16 partidos jugados, por la zona B del torneo, estuvo a un punto de acceder a la ronda final del certamen.
Allí enfrentó a Gremio de Porto Alegre (Brasil) en uno de los partidos más recordados de la historia del club. En el Torneo Clausura 2010, el equipo alcanzó la segunda ubicación, con 40 unidades, siendo ésta la tercera mejor campaña de la historia de Estudiantes desde que en 1991 comenzaron a disputarse «campeonatos cortos» en el fútbol argentino. Estudiantes tuvo al máximo goleador del torneo (Mauro Boselli, con ocho conquistas) y logró su primer triunfo en la historia de la Copa Libertadores jugando como visitante ante un equipo brasileño, siendo el segundo club argentino en consagrarse campeón ganando el partido decisivo en Brasil. Tras disputar la final de la Copa Sudamericana, el equipo reafirmó al año siguiente la exitosa campaña a nivel internacional en el principal torneo continental de clubes y se consagró campeón de la Copa Libertadores por cuarta vez en su historia. Con la clasificación a la Copa Libertadores 2008 asegurada tras el título obtenido, Estudiantes mantuvo la base del equipo campeón y volvió a ser protagonista en el Torneo Clausura 2007, cuando terminó en el 3.er lugar de la tabla de posiciones; le ganó al campeón, San Lorenzo, y obtuvo otra victoria en el clásico ante Gimnasia, al que derrotó como visitante después de 12 años, tras ganarle por 2-1 luego de ir en desventaja y de jugar con un futbolista menos, por la expulsión de José Luis Calderón, desde los 3 minutos del primer tiempo.