En la temporada 2003-04 el equipo empezó una campaña muy exitosa, llegando a estar invictos durante el torneo Apertura durante 21 fechas (convirtiéndose esto en el mejor arranque de un campeonato del Deportivo Saprissa); en la última fecha del torneo y con la seguridad de haber ganado el torneo Apertura 2003-04 y asegurándose así una eventual final, nba camisetas baratas cayó su invicto de 21 fechas ante la Asociación Deportiva Ramonense. Durante la campaña 2004-05 el cuadro morado no tuvo ningún éxito local, dado que en este torneo perdería ambas finales (Apertura y Clausura) del campeonato nacional; además de perder la Copa Interclubes UNCAF 2004 ante el Municipal de Guatemala, logrando un subcampeonato. En los primeros años de esta década solo fue campeón nacional en 1982 y a nivel internacional se proclamó campeón de la Copa Camel en 1985. Saprissa vuelve a retomar el protagonismo a finales de los años ochenta obtuvo el bicampeonato en 1988 y 1989; y para la década de los noventa ganaron siete títulos (internacionales y nacionales): ganó la Copa de Campeones de Concacaf en dos ocasiones en 1993 y 1995, uno del torneo Grandes de Centroamérica en 1998 y cuatro campeonatos nacionales en las temporadas 1993-94, 1994-95, 1997-98 y 1998-99. En los dos últimos campeonatos de la década marcó más de 100 anotaciones (101 goles en la campaña 1997-98 y estableció el récord de más anotaciones en una sola temporada con 108 goles en el torneo 1998-99). Por los logros anteriores fue declarado el Equipo del Siglo XX en Costa Rica por la prensa nacional.
A finales de esa década, Saprissa se convirtió en el uno de los tantos equipos en América Latina en darle la vuelta al mundo. De vuelta en Costa Rica el cuadro morado se coronó campeón de la temporada 2005-06, al haber ganado los torneos de Apertura y Clausura de esta temporada, logrando así su campeonato número 24 a nivel nacional. El conjunto morado participó en la Copa de Campeones de la Concacaf renombrada en la edición 2008/09 como la Liga de Campeones de la Concacaf, con un formato diferente el torneo se disputaba con fase preliminar, fase de grupos previa que posteriormente daba dos clasificados por grupo a las otras rondas, el Saprissa quedó eliminado en la segunda fase (fase de grupos). En el año 2005 el Deportivo Saprissa afrontó una nueva edición de la Copa de Campeones de la Concacaf del mes marzo hasta el mes de mayo de 2005, en donde se enfrentó en cuartos de final al Kansas City Wizards imponiéndose sobre este con global de 2-1; posteriormente en el mes de abril jugó en semifinales contra el club de fútbol Monterrey, en el primer partido celebrado en el Estadio Ricardo Saprissa el cuadro morado empató con marcador de 2-2 con un gol agónico de Allan Alemán, ya en el partido de vuelta se disputó uno de los partidos más duros y difíciles que haya afrontado el Saprissa durante este torneo, dado que al inicio del partido expulsaron a Walter Centeno dejando al Saprissa con 10 jugadores, aunque esto pudo haber sido el fin para Saprissa en el torneo, el cuadro morado impuso sus condiciones y con un jugador menos empató un partido que se creía perdido para el cuadro morado, con gol de Rónald Gómez, esto hizo que el partido se fuese a un decisiva tanda de penales en donde el cuadro morado se triunfó con un marcador de 5-3, haciendo que Saprissa disputase una nueva final de Copa de Campeones de la Concacaf, siendo esta la segunda consecutiva, camisetas de la nba y en la final efectuada en el mes de mayo el cuadro morado se enfrentó al cuadro de Pumas de la UNAM.
Posteriormente, con la negativa de Jorge Vergara en querer invertir en el equipo morado, este terminó vendiendo sus acciones al grupo Horizonte Morado (compuesto en ese momento por Juan Carlos Rojas Callan, Edgar Zurcher, Alberto Raven Odio, Marco Cercone, Sergio Egloff y René Picado de Televisora de Costa Rica, S.A., entre otros) quien asumió el control del Saprissa en abril de 2011 con un 70% de las acciones. Costa Rica y logró así clasificarse a la Liga de Campeones de la Concacaf 2010/11; en dicha edición de la Liga de Campeones, el Saprissa clasificó de la fase de grupos como segundo del Grupo C, solo por debajo del Monterrey de México. Durante esta época el Deportivo Saprissa logró siete campeonatos nacionales (fue pentacampeón desde el 2006 hasta el 2008), un subcampeonato nacional en 2003; un torneo de la Copa de Campeones de la Concacaf en 2005, dos subcampeonatos en las ediciones 2004 y 2008; un torneo de Copa Interclubes de la UNCAF en 2003, dos subcampeonatos en las ediciones 2004 y 2007 y por último un tercer lugar en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en 2005. Siendo esta una época dorada para el cuadro morado. En el primer partido disputado en el Estadio Alejando Morera Soto, el Deportivo Saprissa logró conseguir un empate a cero goles dejando así que la serie final se definiera en el Estadio Ricardo Saprissa Aymá, en donde el equipo morado logró triunfar con marcador de 1-0, con esto el Deportivo Saprissa consiguió ser el equipo más ganador en la historia del fútbol costarricense, además de ser el primer equipo de Concacaf en conseguir 30 títulos nacionales por encima de países como México, Estados Unidos, Honduras, Guatemala y otros.
En diciembre de 2005 el Deportivo Saprissa jugó su primer partido del Mundial de Clubes ante el Sidney Football Club en el Estadio Toyota en donde ganó el partido con marcador de 1-0 con gol de Christian Bolaños, con este triunfo el Deportivo Saprissa clasificó a las semifinales y disputó la semifinal ante el campeón de Liga de Campeones de la UEFA el Liverpool Football Club en el Estadio Internacional de Yokohama, al final el club inglés se dejó la victoria ante el cuadro morado con un marcador de 3-0. El Deportivo Saprissa disputó el encuentro por el tercer lugar, su último partido del Mundial de Clubes fue ante el Al-Ittihad de Arabia Saudita ganándole a dicho equipo árabe en un reñido partido con marcador de 3- 2, y alcanzó con esto el tercer lugar de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en su primera participación, logrando así dejar el nombre de Costa Rica en lo más alto del fútbol mundial. 2003, adquiere la mayoría del paquete accionario y logra salvar de una potencial quiebra económica al conjunto morado.